با این همه یک روز بعد اما احمد خاتمی از اعضای خبرگان به طور ضمنی انتخاب جانشین خامنهای را تکذیب کرد و به شبکه خبر جمهوری اسلامی ایران گفت: «به جمعبندی نزدیک شدهایم و در اولین فرصت رهبر تعیین خواهد شد.»
خاتمی همچنین گفت دلیل تأخیر در انتخاب جانشین خامنهای، وضعیت جنگی کشور است.
برخی رسانهها مدعی شده بودند با فشار سپاه پاسداران، مجتبی خامنهای ۵۶ ساله، دومین پسر خامنهای به عنوان جانشین او انتخاب شده است.
پس از کشته شدن خامنهای در حمله شنبه ۹ اسفند، مسعود پزشکیان، غلامحسین محسنی اژهای و علیرضا اعرافی شورای موقت رهبری را تشکیل دادند.
اسرائیل کاتس وزیر دفاع اسرائیل بدون نام بردن از مجتبی خامنهای گفته است هر کسی که به عنوان رهبر آینده جمهوری اسلامی سیاست «نابودی اسرائیل» را دنبال کند، توسط ارتش اسرائیل حذف خواهد شد.
بعد از بمباران «بیت» خامنهای، گفته شد که مجتبی خامنهای نیز در بین کشته شدگان است اما دو روز بعد اعلام شد همسر او [دختر حداد عادل] و منصوره خجسته همسر خامنهای کشته شدند و مجتبی زنده مانده است.
او اصلیترین فرد برای جانشینی پدر است اما این احتمال که او نیز بلافاصله پس از رهبری، توسط اسرائیل یا آمریکا حذف شود، ابهامات زیادی در مورد آینده جانشینی خامنهای ایجاد کرده است.
