عمار ملکی، فرزند او در کانال تلگرامی و حساب توئیتری خود چهارشنبه ۱۲ آذرماه خبر درگذشت پدرش را منتشر کرد.
ملکی در تجریش و دارالفنون تحصیلات خود را گذراند و سپس در دانشکده دام‌پزشکی دانشگاه تهران ادامه تحصیل داد و در سال ۱۳۴۰ به تدریس در این دانشگاه مشغول شد و سپس دوره‌های تخصصی این رشته را در اتریش و بریتانیا گذراند.
او فعالیت‌های سیاسی خود را در دهه ۱۳۳۰ با شرکت در جنبش دانشجویی، نهضت مقاومت ملی و جبهه ملی ایران آغاز کرد و در آن سال‌ها بازداشت شد.
محمد ملکی در جریان انقلاب فعال بود و پس از انقلاب ریاست دانشگاه تهران را برعهده گرفت. در سال‌های ریاست او بر دانشگاه فعالیت گروه‌های سیاسی دانشجویی آزاد بود و دانشگاه به شکل شورایی اداره می‌شد.
با آغاز انقلاب فرهنگی و حمله به دانشگاه‌ها ملکی با بستن دانشگاه‌ها مخالفت کرد و در تیرماه ۱۳۶۰ دستگیر شد و مدت ۵ سال را در زندان گذراند. در این پنج سال او بارها زیر شکنجه قرار گرفت و پس از آزادی به مدت ۲۰ سال ممنوع‌الخروج شد.
پس از آزادی به فعالیت‌های فرهنگی، علمی، اجتماعی و تدریس در دانشگاه آزاد اسلامی و کارهای تحقیقاتی در زمینه تخصص خود پرداخت و کتاب‌ها و مقاله‌های متعدد سیاسی و اجتماعی منتشر کرد. شعرها و برخی از آثار او اجازه نشر نیافت.
محمد ملکی در سال ۱۳۹۰ بار دیگر در پی انتشار نامه‌ای سرگشاده به احمد شهید، گزارشگر وقت سازمان ملل در امور حقوق بشر ایران ممنوع‌الخروج شد. سازمان عفو بین‌الملل در خردادماه ۱۳۹۶ اعلام کرد که دولت ایران از ترک کشور او برای دیدار با فرزندانش در هلند و کانادا جلوگیری کرده است.
ملکی در یک دهه اخیر در بیشتر فعالیت‌های حقوق بشری شرکت داشت و بارها بیانیه‌ها و نامه‌هایی در نقد استبداد در ایران منتشر کرد.
امضای نامه استعفای علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی موسوم به «بیانیه ۱۴ نفر» یکی از آخرین موارد در این زمینه بود. ملکی به‌دلیل امضای این نامه بازداشت شد.
محمد ملکی زمانی که در زندان‌های جمهوری اسلامی به‌سر می‌برد این شعر را نوشت:
محمد ملکی به تازگی همسر خود قدسی میر معز را از دست داده بود.
